Johann Zarco firmó la segunda pole de su carrera profesional en Motegi, en una impresionante sesión de clasificación en la que un error hizo que Márquez perdiera esta primera posición de parrilla en un circuito en el que nunca la había logrado.
El español, que marcó el mejor crono en el primer giro de la Q2, cambió de neumáticos tras ver la opción elegida por Valentino Rossi, tal y como confesó a la conclusión de la prueba, y se vio superado por el francés y también por Petrucci, que saldrá segundo.
Valentino Rossi, que optó por salir con slicks en los primeros giros, no acertó con la elección de neumáticos y tuvo que entrar a cambiar gomas, quedando finalmente relegado a la duodécima posición, en una jornada negra para los pilotos oficiales de Yamaha.
Aleix Espargaró saldrá cuarto, por delante de Lorenzo, en un top ten que completan Pedrosa, Smith, Pol Espargaró, Andrea Dovizioso y Álex Rins.
Viñales no pasó el corte de la Q1 y partirá decimocuarto, por detrás del francés Loris Baz. Dos puestos por detrás lo hará Bautista. Puesto 17 para Barberá y 19 para Rabat, que completan el cuadro de pilotos españoles en esta clasificación.